A onda su utočište našli u Bosni. Jevreji koji su se pretvarali da su se obratili na katoličanstvo bili su glavni razlog
nastanka inkvizicije na Pirinejskom poluotoku tokom koje je pogubljeno oko 3.500 Jevreja. Preobraćenja su postajala masovna nakon masakra nad Jevrejima koji su se dogodili 1391. godine. Ipak, dobar broj obraćenika nastavio je potajno prakticirati svoju vjeru ili svoje obrede i običaje. Imali su niz zajedničkih osobina koje su im davale određeni društveni identitet. Što se muslimana tiče, kada se počelo uveliko sumnjati da su mnoge zajednice i dalje pripadale “sekti Muhammeda”, inkvizicija je počela djelovati. Progoni su bili najjači u kraljevstvu Aragon, gdje je inkviziciji bilo podvrgnuto gotovo 11.000 muslimana.
Historičar Antonio Domínguez Ortiz objavio je rad u kojem procjenjuje da je u Španiji pod muslimanskom vlašću živjelo oko 400.000 Jevreja. Kada su 1492. godine protjerani, bilo je oko 100.000 onih koji su se odbili odreći svoje vjere, ostali su postali preobraćenici. Inkvizicija je nastala upravo zbog onih koji su službeno bili kršćani i koje su smatrali lažnim obraćenicima i, prema tome, opasnošću za političku i vjersku homogenost koju je kruna tražila. Preobraćenja su postajala masovna nakon masakra nad Jevrejima koji su se dogodili 1391. godine. Ipak, dobar broj obraćenika nastavio je potajno prakticirati svoju vjeru ili svoje obrede i običaje. Imali su niz zajedničkih osobina koje su im davale određeni društveni identitet. Bili su svjesni svoje prošlosti i neprijateljskog okruženja u kojem su živjeli. Većinom su pripadali nižim slojevima, ali dio njih na kraju se posvetio obrtu, trgovini ili intelektualnim zadacima, što ih je dovelo do zauzimanja ključnih položaja u vlasti gradova, kraljevstva i same Katoličke crkve. Mnogi moćnici, pa čak i sam velik inkvizitor poput Tomása de Torquemade, poticali su od preobraćenih Jevreja.
Dominantan socijalni položaj dijela obraćenika, kako u sferama moći, tako i u gospodarskim aktivnostima, izazvao je reakciju suparničkih skupina. Iznad svega plemstva, koje je optužilo obraćenike da su gomilali položaje i imovinu nauštrb siromaha, što je potaklo duhove vjerskog progona, čiji je instrument bila inkvizicija. Mržnja prema Jevrejima bila je mješavina političkog rivalstva, klasne ogorčenosti i, naravno, borbe protiv hereze, koja je sve ujedinila i povukla kršćanske mase protiv toga. Prvih četrdeset godina progona, od 1480. do 1521. godine, bile su najkrvavije jer je inkvizicija uništavala elite koje su vladale glavnim gradovima. S godinama se progon smanjivao iako je nastavljen sve do 1818. godine, kada je posljednji slučaj zabilježen u Córdobi. S druge strane, Mauri su bili prisiljeni birati između obraćenja i protjerivanja tokom prve četvrtine 16. stoljeća. Očito je, kao u slučaju Jevreja, da je obraćenje moralo predstavljati njihovu homogenizaciju s kršćanskim društvom te da su morali odbaciti sve znakove vlastitog identiteta.
Kada se počelo uveliko sumnjati da su mnoge zajednice i dalje pripadale “sekti Muhammeda”, inkvizicija je počela djelovati. Progoni su bili najjači u kraljevstvu Aragon, gdje je inkviziciji bilo podvrgnuto gotovo 11.000 muslimana. Kad je 1609. godine protjerano oko 300.000 Maura, inkvizicija više nije imala mnogo meta. Protjerivanje je bilo odluka Državnog vijeća, a ne Katoličke crkve ili inkvizicije. Tadašnji monarh Felipe III bojao se da su Mauri djelovali kao saučesnici turskih i berberskih gusara ili čak Francuske, tradicionalnog neprijatelja španske krune. Ugledni bosanskohercegovački jevrejski intelektualac David Kamhi za sedmični list "Stav" je komentirao sudbinu Jevreja sefarda nakon progona iz Španije. Kada su španjolski kralj Ferdinand i Izabela 1492. godine donijeli 'edicto de expulsion de los judios' i istjerali Jevreje, ali i muslimane, jedina država koja je primila sav taj narod bila Osmanska imperija. Zbog čega? Zbog toga što su sultani bili multikulturalno opredijeljeni. Pogledajte koliko je sultana oženilo Jevrejke ili kršćanke. Drugim riječima, osmanska uprava nikada nije bila genocidna i nije ubijala ljude zbog toga što su drugačiji. Pogledajte procvat književnosti i pogledajte šta se sve desilo za vrijeme Osmanske imperije. Jevreji su bili milet koji je bio povlašten. Osmanska carevina bila otvorena za sve. U krajnjoj liniji, imali su i korist od Jevreja koji su donijeli neke zanate i bankarstvo. Svaki je sultan imao doktora Jevreja. Imao je neslužbene ministre vanjskih poslova, imao je ambasadore Jevreje", rekao je Kamhi.
Historičarka Behija Zlatar o dolasku Jevreja u Bosnu napisala je da se pravni i društveni položaj Jevreja u Sarajevu nije razlikovao od položaja Jevreja nastanjenih po drugim gradovima Osmanskog Carstva. Svoje porodične, bračne, nasljedne i druge imovinsko - pravne poslove Jevreji su rješavali pred svojim vjerskim starješinom, dok su u agrarno - pravnim stvarima odgovarali isključivo pred kadijom. Osmanski izvori pokazuju da su Jevreji od svog dolaska u Bosnu mogli slobodno da vrše svoje vjerske obrede. Društveni i kulturni život Jevreja bazirao se na tekovinama donijetim iz Španije, piše Zlatar. Oni su dugo čuvali svoje pjesme romanse u njihovom izvornom obliku kao dio folklornog blaga i kulturne baštine. Poslije austrougarske okupacije u Sarajevo su se doselili i aškenaski Jevreji, i već 1879. g. zaključili da osnuju svoju opštinu i sagrade hram. Kroz ovih 500 godina Jevreji su dali značajan doprinos razvoju Sarajeva. Oni su se od svog dolaska na ove prostore potpuno uklopili u život ovog kosmopolitskog grada. stav.ba