Alija, sin Mustafe i Hibe Izetbegović, rodio se u Bosanskom Šamcu 8. avgusta 1925. godine,
iste godine kada se vodeća stranka Hrvata u monarhističkoj Jugoslaviji, na čijem čelu je bio Stjepan Radić, odrekla republikanizma i pristupila idealima srpske dinastije Karađorđevića. Rođen je u Kraljevini Srba, Hrvata i Slovenaca gdje Bošnjaci nisu imali svoj subjektivitet. Alija Izetbegović potječe iz ugledne begovske porodice koja je nekada živjela u Beogradu. Prema nekim njegovim nezabilježenim sjećanjima gotovo cijeli prostor današnjeg Novog Beograda je bio pod vlasništvom porodice Izetbegović. No, 1868. godine, za vrijeme vladavine kneza Mihaila Obrenovića porodica je bila prisiljena odseliti se na sigurnije mjesto – u Bosnu. Od malo mogućnosti izabran je Bosanski Šamac. Izetbegovićev djed Alija bio je gradonačelnik Bosanskog Šamca, poštovan i cijenjen zbog svoje pravednosti i čestitosti. Kako sam Alija navodi u svojoj knjizi “Sjećanja”, njegov djed je odlučno zaštitio grupu uglednih gradskih Srba kada su ih austrougarske vlasti namjeravale uzeti za taoce poslije Sarajevskog atentata. Spasio je Srbe od progona, što će mu oni upamtiti i što će kasnije njegova unuka, tada mladom Aliji Izetbegoviću spasiti život kada su ga četnici uhvatili. Kada su mu bile nepune tri godine, 1928. godine njegov otac Mustafa, poslije bankrota, biva primoran da se preseli u Sarajevo. Iako rođen u Bosanskom Šamcu, Sarajevo je postalo Alijin grad odrastanja. Odrastao je u starom gradu, na Alifakovcu, upoznavši ga detaljno. Porodica Mustafe Izetbegovića bila je brojna, što za tadašnje prilike nije bilo neobično. Alija je imao sestru Nafiju, Hajriju i Arziju i mlađeg brata Nurudina, kao i dvojicu polubraće iz prvog očevog braka, Bahriju i Sabriju.
Mustafa Izetbegović je teško ranjen u Prvom svjetskom ratu na italijanskom frontu. Ratne posljedice su izazvale progresivan invaliditet pa je on zadnjih deset godina života bio nepokretan. Alija Izetbegović govori da su to bili teški i mukotrpni dani neimaštine, jer je o Mustafi morala brinuti cijela porodica, a naročito Hiba hanuma koja je bila predana vjernica. U svojim “Sjećanjima” Alija bilježi da upravo njoj duguje svoju privrženost vjeri. Iskreno je naveo da se poteško sa njom budio da klanja sabah namaz. U petnaestoj godini, pod utjecajem ateističke i komunističke literature, Izetbegović se, prema vlastitim iskazima, počeo kolebati u vjeri. Izetbegović je, iako privučen idejama socijalne pravde, veoma brzo stekao rezervu prema komunizmu, pa je u skladu sa pisanjem profesora Šerijatske gimnazije u Sarajevu, zauzeo poziciju ekvidistance protiv oba totalitarizma – komunizma i fašizma.
Pohađao je Prvu mušku gimnaziju u kojoj su tadašnji komunisti bili veoma aktivni. Čak je i sama škola bila na glasu kao “komunistička” jer se za izvjestan broj profesora tvrdilo da pripadaju “ilegalnom pokretu” (komunistima). Međutim, i ostale škole su bile na takvom glasu. Čak je i Gazi Husrev begova medresa bila pod utjecajem zabranjene Komunističke partije. Visokorangirani funkcioner komunističke vlasti, Nijaz Dizdarević je 1937. godine organizovao štrajk. Kao i mnogi iz njegove generacije i Alija Izetbegović je imao priliku čitati komunističku literaturu, što je kod Alije probudilo želju za bavljenjem politkom. Kraj tog desetljeća i burna društvena i socijalna vremena se uzimaju kao početak Alijinog političkog angažmana i izrastanje u disidenta i borca za demokratska politička načela. Kako sam svjedoči, u mladosti se počeo dvoumiti između problema “socijalna pravda – nepravda”, sa jedne strane, i vjere u Boga, sa druge strane. Međutim, bilo mu je nelogično da se u komunističkoj propagandi borbe za socijalnu pravdu Bog tretira kao proizvod ljudskog mišljenja i vjerovanja a sama vjera se smatra “opijumom za narod”. Tako se u konačnici nakon skoro dvije godine lutanja vratio vjeri sa novom snagom i na novi način. Poslije mu se činilo da je čvrstina njegove vjere potekla upravo iz ove sumnje u mladosti. U međuvremenu čitao je i djela klasične evropske filozofije, tako da je sa devetnaest godina već poprilično izučio djela Hegela, Spinoze, Kanta, Spenglera, ali i počela od Sokrata, Aristotela i Platona te ostalih starogrčkih filozofa. Do mature je pročitao i u dobroj mjeri proučio sva značajnija djela evropske filozofije, što ga je, kako je tvrdio, izrazito opteretilo i učinilo skeptičnim i zbunjenim. Vrijeme je provodio i igrajući šah u prostorijama muslimanske organizacije “Trezvenost”. Maturirao je 1943. godine u jeku žestokih borbi Drugog svjetskog rata.
Suočen sa stvarnošću genocida nad Bošnjacima zapadne i istočne Bosne u toku 1941. i 1942. godine od združenih četničko – partizanskih snaga, kod Izetbegovića jača stav da se Bošnjaci moraju sami braniti, jer ih uspostavljena marionetska Nezavisna Država Hrvatska žrtvuje velikosrpskoj politici kao meso za odmazdu zbog pokolja Srba. Po okončanju mature 1943. godine Izetbegović se trebao prijaviti za regrutaciju ali je to izbjegao učiniti. Za tadašnju vlast postao je bjegunac, pa se skrivao čitavu 1944. godinu. Kada je postalo previše opasno da kao vojni bjegunac boravi u Sarajevu, pred nosom ustaških vlasti, bježi i sklanja se kod rodbine u Posavinu. Prema svjedočenju njegovog prijatelja i saradnika iz mladomuslimanskih dana, Nedžiba Šaćirbegovića on i Alija su se našli u kinu, na promociji filma, na kojoj se prema ustaljenoj praksi prije same projekcije govorilo o velikim pobjedama njemačke vojske u Rusiji protiv Crvene armije. Na tu propagandu njih dvojica su počeli glasno negodovati i uzvikivati da su to neistine. Tada je došlo do komešanja među prisutnom publikom, nakon čega su oni pobjegli iz kina. Ovaj čin mogao je biti još jedan poticaj da se Izetbegović skloni iz Sarajeva. Kako je sam naveo, niti jedna od vojski koje su operirale u Posavini ga nije imponirala: ni partizani, ni muslimanske milicije, a pogotovo ne četnici i ustaše. Ratnu 1943. i 1944. godinu provodi u pomaganju brojnim muhadžirima iz istočne Bosne koji su preživjeli četničke i četničko – partizanske pokolje. U tim akcijama poginulo je više pripadnika pokreta “Mladi muslimani” čiji je Izetbegović bio član. Prema njegovim sjećanjima krajem rata se priključio NOP-u (partizanima) i učestvovao u akcijama za oslobođenje Gradačca. Nažalost, nema pouzdanijih podataka o njegovom učešću u NOP-u. Prema kopiji registra matičnih knjiga Općine centar zapisano je da je Izetbegović u redove Jugoslavenske armije pristupio u aprilu 1945. godine, ali se ni ti podaci ne mogu smatrati pouzdanim. bosnae.info