Administrativnim preuređenjem lokalne samouprave Kozarac je 1963. godine izgubio status općine te je pripojen općini Prijedor.

 Pored Kozarca mjesnu zajednicu je činilo još 6 sela i naseljenih mjesta, koji su prema popisu iz 1991. godine brojali oko 24 000 stanovnika, a apsolutnu većinu činili su Bošnjaci. Politička previranja koja su nastupila između nacionalnih stranaka, u prvom redu SDA i SDS, znatno su se odrazila i na općinu Prijedor. Tako je djelovanje prijedorskog SDS-a išlo u smijeru priključenja ove općine novoformiranoj “Autonomnoj regiji Krajina”, koja je proglašena još 16. septembra 1991. godine u Banja Luci od strane srpske hegemonističke politike. Poslije jednostranog proglašenja skupštine, srpski narod je održao plebiscit 9. i 10. novembra 1991. godine, na kojem se većina stanovništva izjasnila za ostanak u “krnjoj Jugoslaviji”. Tom plebiscitu odazvalo se i oko 45 000 prijedorskih Srba koji su potvrdno glasali, dok je ukupno 102 građana Kozarca učinilo isto.Glavni odbor SDS-a 19. novembra 1991. godine objavio je dokument pod nazivom “Uputstvo o organizovanju i djelovanju organa srpskog naroda u Bosni i Hercegovini u vandrednim okolnostima”. On je bio uputstvo na koji način se trebaju sprovoditi aktivnosti u onim općinama gdje žive Srbi. Prema nacrtu postojale su dvije varijante “A” – općine gdje su Srbi činili većinu i “B” – gdje su Srbi činili manjinu. Prema popisu iz 1991. godine za Prijedor je bila predviđena varijanta “B”. Prema tome SDS je u Prijedoru morao formirati paralelne institucije, jer je SDA tu imala vlast. Pod okriljem SDS-a i Jugoslavenske narodne armije 7. januara 1992. godine proglašena je “Skupština srpskog naroda općine Prijedor”, koja je već na prvom zasjedanju donijela odluku da se Prijedor pripoji “Autonomnoj regiji Krajina”. Time je bez saglasnosti Bošnjaka i Hrvata, Prijedor priključen Srpskoj Republici Bosni i Hercegovini koja je proglašena dva dana poslije.

Uzavrla politička situacija u BiH, te rat u Hrvatskoj a ranije i u Sloveniji, dovela je političke garniture u BiH na pregovarački sto tokom februara i marta 1992. godine, odnosno pred samu agresiju. Predstavnici vladajućih stranaka razmatrali su o ponuđenom Kutiljer – Karingtonovom planu, koji se ticao budućeg unutrašnjeg uređenja BiH. Nakon nekoliko sastanaka lideri vladajućih stranaka u potpunosti su odbacili plan. Da je on postignut Prijedor bi zajedno sa Sanskim Mostom, Bosanskom Krupom, Bihaćem, Cazinom i Velikom Kladušom, činio bošnjačku administrativnu jedinicu “odsječenu” od ostalih teritorija sa bošnjačkom većinom. Prijedorski SDS je izričito odbacio plan jer nisu željeli živjeti u “muslimanskom entitetu”.

Politička dešavanja u Prijedoru kulminirala su nasilnim preuzimanjem vlasti od strane SDS-a i JNA 30. aprila 1992. godine. U samom preuzimanju vlasti učestvovalo je 1 775 srpskih policajaca iz 13 stanica, pripadnici snaga specijalne policije iz Banja Luke i jedinice 5. korpusa JNA (kasnije će prerasti u 1. krajiški korpus Vojske Republike Srpske). Nelegalnim putem smijenjeni su sa važnih funkcija svi Hrvati i Bošnjaci, uključujući i predsjednika općine Muhameda Čehajića. Da bi “osigurali” svoju vlast nove vlasti su na brojne zgrade postavile naoružane ljude, dok je policija po cijelom Prijedoru postavila punktove. Podršku im je u svakom segmentu dala 343. motorizovana brigada JNA pod komandom Vladimira Arsića. Ova podrška naročito se ogledala u postavljanju “strateških pozicija” oko mjesta u kojima Srbi nisu bili većina, a primjer je bio i Kozarac. Dva dana poslije preuzimanja vlasti počinjen je i prvi zločin nad civilima bošnjačke nacionalnosti. Naime, pripadnik VRS Zavišić Jovan je iz autobusa koji se kretao na relaciji Bosanska Dubica – Prijedor u naselju Kragulji iz autobusa izveo dvoje putnika, Šahinić Ismeta i Šahinić Rasima, te sa traktora skinuo Kučuković Jusufa i Ganim Mumina, te ih ubio iz automatske puške.

Sva politička dešavanja u Prijedoru odrazila su se i na Kozarac, gdje bošnjačko stanovništvo nije priznalo novu vlast. Istovremeno je JNA pripremala zauzimanje Kozarca, Ljubije i drugih dijelova općine Prijedor. Tom prilikom postavljene su i baterije haubica u rejonu Kozarca. Kao odgovor bošnjačko stanovništvo je postavio kontrolne punktove te patrole od po desetak mještana naoružanih uglavnom lovačkim naoružanjem. U toku aprila i maja održano je i nekoliko sastanaka Stanice milicije Kozarac (u sastavu Ministarstva unutrašnjih poslova Republika BiH), štaba Teritorijalne odbrane RBiH Kozarac, te političkih i intelektualnih krugova. Od brojnih prijedloga posebno se isticao onaj o formiranju općine Kozarac kao privremenog rješenja ili formiranje zajednice općina Prijedor koji bi se sastojao od općine Kozarac, Ljubija i grada Prijedora. Obzirom da su srpske vlasti zahtjevale da se Kozarac priključi vlastima “Autonomne regije Krajina”, odnosno “Srpske Republike Bosne i Hercegovine”, Kozarčani su izašli sa prijedlogom formiranja “Građanske općine Kozarac”, u čiji sastav bi ušlo pet mjesnih zajednica. Osim toga, predloženo je da se ne ističu bilo kakvi nacionalni ili vjerski simboli. Međutim, i takav prijedlog je od novih srpskih vlasti u Prijedoru odbijen. Kozarčani su uzvratili odgovorom da oružje neće položiti i da će na silu uzvratiti silom.

Kao posljednja opcija bio je pokušaj razgovora sa načelnikom Centra javne bezbjednosti Banja Luka, Stojanom Župljaninom, sa kojim su razgovarali pripadnici Stanice milicije Kozarac koje je predvodio komandir Osmo Didović. Ipak, Kozarčanima je ponovo postavljen ultimatum da polože oružje i iskažu lojalnost vlastima “Srpske Republike Bosne i Hercegovine”. Takvi zahtjevi su od strane Kozarčana odbijeni. Jedan od razgovora između SDA Kozarac i SDS Prijedor vođen je od 15. do 20. maja 1992. godine u prostorijama SDS-a u Prijedoru. Glavnu riječ na sastanku odigrali su pukovnik Vladimir Arsić i major Radmilo Zeljaja, koji su zahtijevali da Bošnjaci iz Kozarca predaju 7 000 cijevi ili će “Kozarac biti sravnjen sa zemljom”. Kada je Bećir Medunjanin upitao kako da predaju toliko oružja kada ga nemaju, Zeljaja mu je odgovorio: “Gospodo, to je vaš problem”. Iz ovakvih ispada bilo je sasvim jasno da srpska strana želi “problem” riješiti isključivo silom.

Sljedeći potez je uslijedio 22. maja 1992. godine, kada je zbog neiskazivanja lojalnosti novim vlastima, srpska vlast prekinula telefonske linije sa Kozarcem i uspostavila blokadu ovog mjesta. Samo dan ranije 1. krajiški korpus VRS izdaje naredbu o općoj mobilizaciji, predsjednik općine Milomir Stankić odluku o sprovođenju mobilizacije na prostoru Prijedora sproveo je 22. maja. Sve je bilo jasno da se sprema napad na Kozarac, koji je započeo u podnevnim satima 24. maja 1992. godine od strane artiljerijskih jedinica 1. krajiškog korpusa VRS. Prema određenim procjenama već u toku prva 24 sata na širu okolicu Kozarca palo je oko 5 600 artiljerijskih projektila. Sa druge strane, jedinice TORBiH odnosno Štaba TO Kozarac na čijem čelu je bio Sead Čirkin i policija koji su branili Kozarac nisu po svojoj brojnosti i naoružanju mogle pružiti adekvatan otpor.

Početkom napada civilno stanovništvo je stavljeno u koncentrično vatru artiljerije, tenkova i drugog teškog naoružanja. Sistematsko rušenje i granatiranje od strane srpskih snaga primorao je civilno stanovništvo da se uputi u egzodus prema Kozari. Većina civila koja se uputila u proboj prema Bosanskoj Gradišci uhvaćena je i odvedena u kasarnu Benkovac, gdje su bili zlostavljani, a zatim prebačeni u logor Omarska. Jedan dio civila deportovan je prema Prijedoru. Nakon zauzimanja Kozarca, srpske snage kreću u “čišćenja” odnosno ubijanja civila, pljačke i razaranja imovine kao i protjerivanja stanovništva te odvođenja u koncentracione logore Omarska, Keraterm i Trnopolj. Kozarački policajci, njih 35 na čelu sa komadirom Osmom Didović, se predaju, nakon čega bivaju likvidirani kod stare škole. U izvještaju načelnika SJB Prijedor od 26. maja 1992. godine navodi se da je u “akciji čišćenja terena u Kozarcu, Kozaruši, Trnopolju i Kamičanima očišćeno oko 70% teritorije”. Uvidjevši da je otpor nemoguć a i da bi bilo kakav doveo do civilnih žrtava, Stanica policije Kozarac 26. maja donosi odluku o predaji i na taj način pokušava naći rješenje za spas preostalih civila. Uprkos predaji zločini su nastavljeni, čemu svjedoči izvještaj 1. krajiškog korpusa VRS od 3. juna 1992. godine u kojem se navodi da su “preduzete mjere u daljem čišćenju Kozarca”.

Civili koji su uspjeli da se u prvi mah spase, odnosno da ne padnu u srpske ruke, sve do 9. juna 1992. godine su se skrivali u zaseocima u okolini Trnopolja, kada se i ovo područje našlo na meti srpskih snaga. Srpska vojska i policija je 14. juna uz ogradu “kartonaže” strijeljala veći broj civila, a istog dana napali su i Trnopolje te zaoseoke Sivce, Jaskiće, Menkoviće, Kenjare, Kiliće i Huskiće. Dio stanovništva su likvidirali, a ostatak prevezli autobusima u logor Keraterm. Grupa od 61 civila koja je do 14. juna bila u navedenim zaseocima dovedena je u logor Omarska, odakle su autobusima prebačeni u logor Keraterm. Padom Trnopolja i okolnih zaseoka cijelo područje nekadašnje općine Kozarac našlo se u srpskim rukama. Da bi od svjetske javnosti sakrili stvarna dešavanja lider Kriznog štaba “Autonomne regije Krajina” Radoslav Brđanin, daje za medije izjavu u kojoj navodi: “Posjedujemo dokaze kako je u Kozarcu vršena priprema za totalni genocid nad srpskim narodom. Srpsku mušku djecu do tri godine je trebalo, prema zamisli mudžahedina, sunetiti, a svu ostalo poklati (…)”.

Prilikom napada na Kozarac ubijeno je preko 800 civila. Kada su srpske snage 26. maja ušle u Kozarac otpočele su sa prikupljanjem leševa ubijenih, poslije čega su ih odvezli na lokalitet gdje je iskopana masovna grobnica Tomašica. Prema svjedočenjima pripadnika VRS koji su učestvovali u odvoženju leševa, navedeno je da je u periodu od 4 dana sa različitih lokacija Kozarca prema masovnoj grobnici Tomašici odveženo nekoliko stotina leševa. Domaćinstva u kojima su živjeli Bošnjaci, srušena su teškom mašinerijom. Dom zdravlja u Kozarcu je tokom napada oštećen. Svi islamski objekti, od čega 14 džamija i 9 mesdžida su u potpunosti srušeni. Tokom napada na Kozarac poginulo je 5 a ranjeno 20 pripadnika VRS. Jedan broj bošnjačkih kuća je sačuvan radi koloniziranja srpskog stanovništva. Naime, srpske vlasti su namjeravale iseliti srpsko stanovništvo iz sela Bosanska Bojna, Gradina i Puzići u Velikoj Kladuši i naseliti ih na prostoru Kozarca. Ovakvi planovi jasan su pokazatelj homogeniziranja srpskog stanovništva na teritorij “Srpske Republike Bosne i Hercegovine”. Sve do aprila 1993. godine trajala je likvidacija Kozarčana kroz logore i druga masovna stratišta, a bilans je iznosio 1 226 ubijenih, uglavnom Bošnjaka. Padom Kozarca, na mjesto sekretara imenovan je Duško Tadić, predsjednik Mjesnog odbora SDS-a Kozarac.