Nakon okupacije Bosne Osmanlije su pojedine oblasti oblikovale u posebne vojno
– upravne oblasti koje su nazivali sandžaci. Prvo je osnovan Bosanski sandžak koji je u vojno – administrativnom pogledu osnovan odmah nakon okupacije 1463. godine, a do 1580. godine je pripadao Rumelijskom ejaletu sa tadašnjim sjedištem u Sofiji. Ejalet je bio najveća vojno – administrativna teritorijalna oblast u sklopu Osmanskog carstva. Nakon osnivanja Bosanskog, osniva se i Hercegovački sandžak (1470. godine), zatim Zvornički (između 1478. i 1483. godine), Kliški (1537. godine), Požeški (1538. godine) i Pakrački (1557. godine). Svi ovi sandžaci su također bili dijelom Rumelijskog ejaleta i kasnije formiranog Budimskog ejaleta (1540. godine).
Već od druge polovine XVI stoljeća, uslijed teritorijalnog širenja Osmanskog carstva, pojačane potrebe za eksploatacijom podanika i pokušaja obustavljanja prvih znakova slabljenja centralne vlasti, Osmanlije nastoje osnivanjem niza novih ejaleta pojednostaviti i poboljšati centralnu vlasti. Također, jedan od razloga formiranja ejaleta je bio bolji položaj prema glavnim rivalima: Mletačkoj republici i Austriji.
Shodno tome u periodu od 25. aprila do 23. septembra počinje proces izdvajanja Bosanskog, Hercegovačkog, Kliškog, Pakračkog i Krčkog sandžaka iz Rumelijskog te Zvorničkog i Požeškog iz Budimskog ejaleta, u cilju osnivanja novog ejaleta, Bosanskog. Sandžakbeg bosanskog sandžaka imao je vodeću ulogu u širenju osmanske teritorije i rukovodeću funkciju u osvajačkim akcijama osmanskih namjesnika u Bosni i susjednim oblastima.
Prema dokumentu Dubrovačke vlade od 6. oktobra 1580. godine u kojem ona obilato daruje bosanskog namjesnika Ferhad bega poklonima “jer je postao beglerbeg sedam turskih sandžaka”, pouzdano znamo da je tog datuma i utemeljen Bosanski ejalet. Bosanski beglerbeg je bio samostalan i djelovao je po svome nahođenju u svim vidovima upravnog i vojnog života pokrajine. Teritorija koju je kontrolisao bosanski beglerbeg, bila je znatno veća nego što ju je imao i jedan srednjovjekovni bosanski vladar. Tako npr. na osnovu osmanske administrativne dokumentacije iz 1856. godine navedeno je da Bosanski ejalet ima ukupnu površinu od 78 308. km2, dok je svoj najveći teritorijalni opseg imao 1606. godine.
Još ranije osvajanjem Bihaća 1592. godine, osnivanjem Bihaćkog sandžaka i potpisivanjem Žitvanskog mira 1606. godine zaokružen je njegov teritorijalni opseg. Teritorija mu se prostirala od Šapca pa do Jadranskog mora i od Zvečeva do Virovitice. Bio je to jedini slučaj da se na Balkanu, pod osmanskom vlašću, jedna teritorijalna jedinica podudara sa obrisima jedne bivše balkanske države i njezinog gravitacionog područja. Prvo sjedište ejaleta je bilo u Banja Luci, koja time postaje prvi glavni grad Bosanskog ejaleta, da bi od 1638. godine sjedište bilo premješteno u Sarajevo. Godinu dana je Travnik bio glavni grad da bi 1640. godine mjesto vraćeno u Sarajevo.
Nakon barbarskog čina Eugena Savojskog i paljenja Sarajeva, Travnik od 1699. godine postaje glavni grad i takvo stanje će sa manjim prekidima, kada je mjesto vraćano u Sarajevo, ostati sve do 1851. godine kada Sarajevo i definitivno postaje glavni grad. Znatni teritorijalni gubici utjecat će da sa potpisivanjem Karlovačkog mira 1699. godine Bosanski ejalet bude sveden na četiri sandžaka: bosanski, zvornički, hercegovački i kliški. Takva podjela će uglavnom ostati sve do 1851. godine sa povremenim ustrojem Bihaćkog, Banjalučkog i Novopazarskog sandžaka.
Najveću teritorijalnu promjenu toku svog postojanja Bosanski ejalet je pretrpio 1833. godine kada je Ali paša Rizvanbegović kao nagradu za podršku sultanu tokom gušenja pokreta Gradaščevića za autonomiju Bosne, na upravu dobio Hercegovinu koja je u rangu ejaleta izdvojena iz Bosne. Ipak, nakon intervencije Omer paše Latasa Hercegovački ejalet će 1853. godine biti ukinut a njegova teritorija će biti vraćena u sastav Bosanskog ejaleta.
Nizom reformi Omer paša Latas 1851. godine se u Bosni formira sedam većih oblasti koje će nazvati kajmekamluci: Sarajevo, Travnik, Banja Luka, Bihać, Zvornik, Hercegovina i Novi Pazar. U cilju novi pokušaja da carstvo izađe iz krize 1864. godine, prema prijedlogu vezira Fuad paše, uvodi se nova organizacija uprave u provincijama. Prema novoj upravnoj organizaciji Osmansko carstvo se dijelilo na vilajete, koji su uvedeni umjesto ranijih ejaleta. Tako će i posebnom odlukom Ministarstva vijeća od 13. maja 1865. godine, biti izdat sultanov ferman po kojem Bosanski ejalet postaje Bosanski vilajet. Sultanova naredba je 10. juna 1865. godine stigla u Sarajevo ite je isti dan pročitana na Musali. bosnae.info