Izbijanjem Prvog srpskog ustanka 1804. godine
Bošnjaci su odigrali najvažniju ulogu u njegovom gušenju. Pokretanje ovog ustanka nije samo išto na štetu Osmanskog carstva, nego i na štetu same Bosne jer su ustanici vršili velike nerede po Sandžaku, u cilju spajanja sa Crnom Gorom. Nije sve dobro počelo po Bošnjake. U Bici na Mišaru 1806. godine bosanska vojska je doživjela težak poraz. Među poginulima su bili i bosanski kapetani Mehmed beg Fidahić i Sinan paša. Ustanici su preuzeli inicijativu te su zauzeli brojna mjesta u sjeveroistočnoj Bosni, što je dovelo do pobune pravoslavnog stanovništva. Pobuna se uskoro proširila i na zapadnu Bosnu. Ponovo je izostala adekvatna pomoć Porte u Istanbulu, tako da su Bošnjaci uputili nekoliko pisama u kojima su zahtijevali veći angažman Osmanskog carstva u njihovoj borbi protiv ustanika. Bosanski beglerbeg Mehmed Husein paša čak je i oslobodio veću grupu srpskih zarobljenika, što je naročito razljutilo Bošnjake koji su se borili protiv ustanika. Da bi spriječila veće incidente Porta ga je smijenila 1813. godine. Postavljanjem novog namjesnika Ali paše Derendelije (1813 – 1815), Bošnjaci su za kratko vrijeme suzbili srpske ustanike. U krvavom boju kod Lješnice ustanicima je nanesen težak poraz. Tom prilikom je poginulo 7 000 srpskih ustanika. U daljnjem toku ustanka Bošnjaci su odnijeli i blistavu pobjedu kod Zasavice, u blizini rijeke Drine, gdje je gotovo u potpunosti poražena srpska vojska na čelu sa Milošem Obrenovićem. Napad na Zasavicu je bio toliko silovit da je 20 000 srpskih branilaca ostalo pregaženo. Izvještaji govore da su u životu ostali samo rijetki. Bošnjaci, koji nisu bili spremni oprostiti sva zla koja je srpska vojska učinila u sjeveroistočnoj Bosni, pogubiše gotovo sve zarobljenike, a pošteđeno je samo njih 300. Padom Zasavice 17. septembra 1813. godine otvoren je put prema srcu Srbije, Beogradu. Prvo je zauzet Šabac i niz drugih mjesta, a potom je 5. oktobra 1813. godine bosanska vojska pobjedonosno ušla u Beograd. Koliko je u Osmanskom carstvu ova pobjeda odjeknula dovoljno govori podatak da su nad Bosforom tri dana gruhali topovi, čime je pozdravljan uspjeh ove veličanstvene pobjede. Ovo zauzimanje, odnosno oslobođenje Beograda, imalo je za Bošnjake i emotivan značaj. Kada su srpski ustanici 1806. godine ušli u Beograd sve ono što je u njemu bilo bošnjačko završilo je pod srpskim nožem. Obzirom da su Bošnjaci u Beogradu tada bili većina, pokršten je i veliki broj njegovih stanovnika. Sve ovo je razlog zbog čega je osvajanje Beograda izazvalo veliko slavlje i u Bosanskom ejaletu. Uspjesi Bošnjaka, koji su između ostalog u ovom ratu zarobili preko 40 000 grla stoke, nekoliko ruskih generala koji su se borili na srpskoj strani, nisu ostali neprimjećeni. Sultan Mahmud II je 3. januara 1814. godine u Bosnu poslao ferman u kojem na najljepši način hvali junaštvo Bošnjaka i veliča njihove podvige. Namjesniku Ali paši Derendeliji, koji je predvodio bosansku vojsku u oslobođenju Beograda, poslan je ogrtač, skupocjeni nož sa drškom od alema i turban. Pored poklona od sultana je dobio i titulu gazije.